Į trečią Vyskupų sinodo asamblėją Vatikane 1974 metais popiežius šv. Paulius VI pakvietė 209 vyskupus, tarp kurių buvo du būsimi popiežiai ir Vyskupų sinodo pirmininkai: kardinolai Albino Luciani (Jonas Paulius I) ir Karolis Wojtyla (Jonas Paulius II), be kita ko dalyvavę Vatikano II Susirinkime (1962–1965).
Trečiąją Sinodo asamblėją Paulius VI užbaigė fundamentaliu dokumentu apie Bažnyčios evangelizavimą Evangelii nuntiandi. Krokuvos kardinolas Karolis Wojtyla, būsimasis popiežius, ir šventasis Jonas Paulius II šioje asamblėjoje ėjo svarbias pareigas: Paulius VI jį paskyrė vienu iš šešių asamblėjos Generalinių relatorių, o, pasibaigus asamblėjai, Karolis Wojtyla buvo išrinktas Vyskupų sinodo Generalinio sekretoriato tarybos nariu. Šias pareigas jis ėjo iki pat išrinkimo popiežiumi 1978 metais.
Jonas Paulius II savo pirmuoju padėjėju Vyskupų sinode, Sinodo generaliniu sekretoriumi, paskyrė slovakų kilmės kardinolą Jozefą Tomko, į šias pareigas atėjusį su pirmosios Vyskupų sinodo asamblėjos patirtimi – jis buvo vienas iš šios asamblėjos ypatingųjų sekretorių. Šiuo metu jau 96-uosius amžiaus metus einantis Jozefas Tomko, Šv. Sabinos bazilikos titulinis kardinolas, Generalinio sekretoriaus pareigas ėjo penkerius metus. 1985 metais Jonas Paulius II jį pakeitė belgų kilmės kardinolu Janu Pieteriu Schotte, ligi šiol ilgiausiai ėjusiu Sinodo sekretoriato vadovo pareigas. Du dešimtmečius Sinodui vadovavęs kardinolas Schotte mirė tik keletą mėnesių prieš popiežių šv. Joną Paulių II, 2005 metais.
Šv. Jonas Paulius II vadovavo penkiolikai asamblėjų, buvo pirmasis surengęs žemynų ir specialiąsias asamblėjas (šiomis dienomis posėdžiaujanti Amazonijos asamblėja irgi specialioji, skirta vietinės Bažnyčios kontekstui, dėmesį skirianti specifinei temai ar teritorijai). Jonas Paulius II Vyskupų sinoduose prašė patarti jam šeimos, pasauliečių, dvasininkų, pašvęstųjų, atgailos ir Eucharistijos klausimais, sušaukė specialiąsias asamblėjas dėl padėties Libane ir Olandijoje, taip pat sušaukė asamblėjas, skirtas visiems žemynams.
1985 metais Jonas Paulius II pakvietė vyskupus į specialiąją Sinodo asamblėją Vatikano II Susirinkimo dvidešimtmečio proga. Pats būdams Didžiuoju Sinodu vadinto Susirinkimo dalyvis, jis troško, kad vyskupai geriau įsisąmonintų Susirinkimo mokymą apie vyskupų kolegialumą ir tuo metu dar besikuriančią vyskupų konferencijų instituciją.
Lenkas popiežius taip pat sušaukė vieną Sinodą vyskupų tema: „Vyskupas – Jėzaus Kristaus Evangelijos tarnas dėl pasaulio vilties“. Tai buvo pirmoji asamblėja, kurioje popiežiui Pranciškui teko vadovaujamas vaidmuo. Jorge Mario Bergoglio, Buenos Airių arkivyskupui, teko pavaduoti Generalinį relatorių kardinolą Eganą, Niujorko arkivyskupą, kuris turėjo apleisti dešimtosios eilinės generalinės asamblėjos darbus dėl 2001 m. rugsėjo 11-osios teroristinių atakų.
Asamblėją užbaigė šv. Jonas Paulius II posinodiniu apaštališkuoju paraginimu „Pastores gregis“ 2003 metais. Jonas Paulius II asamblėjos uždarymo Mišiose, kurias koncelebravo su Sinode dalyvavusiais būsimais savo įpėdiniais kardinolais Josephu Ratzingeriu (Benediktu XVI) ir Jorge Mario Bergoglio (Pranciškumi), kalbėjo apie „naują pradžią“, „vilties žinią vargstantiesiems ir kenčiantiesiems“, „įžengimą į Viešpaties gailestingumo metus“:
„Kristus, gyvieji vartai, atsivėrė plačiau nei bet kada“, – Sinodo asamblėjos pabaigoje sakė šv. Jonas Paulius II ir pridūrė:
“ Vyskupų ir dvasininkų atsiliepimas į dabartinio socialinio ir kultūrinio konteksto iššūkius bus patikimas, jei bus aiškiai pastebima gili ir nuoširdi ganytojų vienybė tarpusavyje ir su Petro įpėdiniu, taip pat vyskupų vienybė su kunigais. ”
(SAK / Vatican News)
